Decimos que algo está patas arriba cuando está desordenado, en un estado caótico (de caos). Normalmente se usa en lugares como una habitación, una casa, un almacén, una tienda…
Usamos esta expresión porque, si lo natural es que las patas estén abajo aguantando el resto del elemento (por ejemplo, las patas de una mesa aguantan el tablero superior de la mesa, las patas de los animales aguantan el resto de su cuerpo, etc.), si están hacia arriba, están en una posición antinatural, es decir, desordenada.
Ejemplo de uso de la frase: Voy a ordenar mi habitación que está todo patas arriba. (pues eso, que está todo muy desordenado y hay que poner un poco de orden).
Otro ejemplo de uso: Se nota que en esa empresa falta personal. Tienen el almacén patas arriba y es imposible encontrar nada.
Aprovechando que es lunes, os deseo una muy feliz semana!
Expresiones españolas para Erasmus en apuros 
Feliz semana !
Muchas gracias e igualmente!!!
Es la confusion
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También aplica a la vida de cada uno, cuando por ejemplo decimos: Tengo la vida patas arriba, queremos decir que nuestra vida está pasando por muchas dificultades, nuestra vida está alterada.